A Direcção Nacional é constituída pelo presidente, que é o Bastonário, e por seis vogais, sendo três deles os presidentes das secções regionais e os outros três eleitos por sufrágio universal e directo.

De entre os seus membros, e com a aprovação do Bastonário, a Direcção Nacional escolherá um conselho executivo composto por três elementos, que assiste o presidente em casos de reconhecida urgência e gravidade.

As deliberações tomadas por este conselho serão posteriormente objecto de ratificação pela Direcção Nacional na primeira reunião que vier a ser convocada após as deliberações.

A Direcção Nacional reúne, em princípio, uma vez por mês ou quando for convocada pelo seu presidente.

Compete à Direcção Nacional:

a) Dirigir a actividade da Ordem a nível nacional;
b) Coordenar e orientar as actividades das direcções regionais;
c) Dar cumprimento às deliberações da assembleia geral;
d) Decidir os recursos interpostos dos despachos que recusem a admissão na Ordem, após o exame;
e) Elaborar e manter actualizado o quadro geral dos farmacêuticos inscritos e dos especialistas titulados pela Ordem;
f) Fixar as jóias e quotas a pagar pelos membros;
g) Cobrar as receitas e efectuar as despesas previstas no orçamento aprovado pela assembleia geral;
h) Dar pareceres e informações sobre assuntos relacionados com o exercício da profissão farmacêutica que lhe forem solicitados pelo Governo, por farmacêuticos inscritos na Ordem ou que, por sua iniciativa, entenda dever prestar às entidades públicas ou privadas, cuja actividade esteja relacionada com aquele exercício;
i) Mandar passar certidões ou prestar informações de harmonia com o Código do Procedimento Administrativo;
j) Elaborar e apresentar à assembleia geral o relatório, contas e orçamento anuais;
k) Gerir o património mobiliário e imobiliário da Ordem, mantendo actualizado o respectivo cadastro;
l) De uma maneira geral, exercer as atribuições e praticar os actos necessários à prossecução dos fins da Ordem, de harmonia com as deliberações da assembleia geral ou com as competências legais que lhe cabem;
m) Aprovar os regulamentos internos, excepto aqueles cuja competência esteja atribuída à assembleia geral.

Os actuais membros da Direcção Nacional são:

- Carlos Maurício Gonçalves Barbosa (Bastonário);
- Graciete Barroso Águas Ribeiro Pereira de Freitas (Vogal);
- Armando João Alcobia da Silva Martins (Vogal);
- Manuela Paula da Silva Machado Dionísio (Vogal);
- Paulo António Seco Moreira da Fonseca (Presidente da Secção Regional de Coimbra);
- António Pedro de Figueiredo Hipólito de Aguiar  (Presidente da Secção Regional de Lisboa);
- Agostinho Franklim Pinto Marques (Presidente da Secção Regional do Porto).