O Bastonário é eleito por sufrágio universal e directo de entre os farmacêuticos licenciados e inscritos na Ordem há mais de dez anos e de idade não inferior a 35 anos.

Compete ao Bastonário:

a) Representar a Ordem em juízo e fora dele;
b) Fazer executar as deliberações da Direcção Nacional;
c) Exercer a competência da Direcção Nacional em casos urgentes ou quando ela lhe for especialmente delegada pelo mesmo órgão;
d) Superintender nos serviços e nos recursos humanos da Ordem e velar pelo cumprimento da lei, do Estatuto da Ordem e dos seus regulamentos internos.

O actual Bastonário da Ordem dos Farmacêuticos é o Prof. Doutor Carlos Maurício Gonçalves Barbosa.