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A Secção Regional de Coimbra é constituída por vários órgãos sociais, à semelhança do que acontece no âmbito nacional.

A Assembleia Regional é constituída por todos os membros inscritos na secção regional e a Mesa da Assembleia Regional de Coimbra é constituída por um presidente e dois secretários, eleitos pelos membros inscritos na secção.

A Direcção Regional de Coimbra é constituída pelo presidente e por um mínimo de dois e um máximo de quatro vogais eleitos pela Assembleia Regional.Compete à Direcção Regional:

a) Dirigir a actividade da Ordem a nível regional;
b) Dar cumprimento às decisões da assembleia geral e regional e às instruções e directivas da direcção nacional;
c) Estudar e despachar, por delegação expressa da direcção nacional, a admissão de novos sócios;
d) Manter actualizado o quadro dos farmacêuticos inscritos na respectiva secção regional;
e) Cobrar as quotas e outras receitas a enviar à direcção nacional;
f) Efectuar as despesas previstas no orçamento pela assembleia regional;
g) Dar os pareceres e as informações que lhe forem solicitados pelo bastonário, pela direcção nacional e pelos farmacêuticos inscritos na respectiva secção regional;
h) Mandar passar certidões ou prestar informações de harmonia com o Código de Procedimento Administrativo;
i) Elaborar e apresentar à assembleia regional, na sua reunião ordinária, o relatório, contas e orçamento anuais;
j) Dar apoio aos membros dos colégios, grupos profissionais e de outras estruturas da Ordem inscritos na respectiva secção regional;
k) De uma maneira geral, exercer as actividades e praticar os actos necessários à prossecução dos fins da Ordem, de harmonia com o disposto neste Estatuto, com as deliberações da assembleia geral e regional e com as instruções e directivas da direcção nacional.

O Conselho Jurisdicional Regional de Coimbra é o órgão disciplinar constituído por três membros eleitos pela Assembleia Regional da secção, sendo o presidente escolhido por e de entre eles.

O Conselho Fiscal Regional de Coimbra é constituído por três membros eleitos pela assembleia regional da respectiva secção, sendo o presidente escolhido por e de entre eles.

Os actuais membros dos órgãos sociais da Secção Regional de Coimbra são:

Assembleia Regional
- Maria Margarida Duarte Ramos Caramona (Presidente);
- Rute Isabel Ramos Cavaco Salvador (1.ª Secretária);
- Maria Mafalda Godinho Tomaz (2.ª Secretária).

Direcção Regional
- Paulo António Seco Moreira da Fonseca (Presidente);
- Humberto Antunes Gameiro;
- Maria Helena da Silva da Costa Neves Correia Amado;
- Sebastião Rebocho Ferreira da Silva.

Conselho Jurisdicional Regional
- Ana Filipa Pereira Amaral de Macedo;
- António Carlos Saraiva Cabral Costa;
- Nuno Carlos Rosa de Lima Vilaça Marques.

Conselho Fiscal Regional
- Paulo Jorge Barradas de Oliveira Rebelo;
- César Augusto Morais de Pinho;
- Vladimiro Jorge da Cruz Rodrigues da Silva.