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A Secção Regional de Lisboa é constituída por vários órgãos sociais, à semelhança do que acontece no âmbito nacional.A Assembleia Regional é constituída por todos os membros inscritos na secção regional e a Mesa da Assembleia Regional de Lisboa é constituída por um presidente e dois secretários, eleitos pelos membros inscritos na secção.

A Direcção Regional de Lisboa é constituída pelo presidente e por um mínimo de dois e um máximo de quatro vogais eleitos pela Assembleia Regional.Compete à Direcção Regional:

a) Dirigir a actividade da Ordem a nível regional;
b) Dar cumprimento às decisões da assembleia geral e regional e às instruções e directivas da direcção nacional;
c) Estudar e despachar, por delegação expressa da direcção nacional, a admissão de novos sócios;
d) Manter actualizado o quadro dos farmacêuticos inscritos na respectiva secção regional;
e) Cobrar as quotas e outras receitas a enviar à direcção nacional;
f) Efectuar as despesas previstas no orçamento pela assembleia regional;
g) Dar os pareceres e as informações que lhe forem solicitados pelo bastonário, pela direcção nacional e pelos farmacêuticos inscritos na respectiva secção regional;
h) Mandar passar certidões ou prestar informações de harmonia com o Código de Procedimento Administrativo;
i) Elaborar e apresentar à assembleia regional, na sua reunião ordinária, o relatório, contas e orçamento anuais;
j) Dar apoio aos membros dos colégios, grupos profissionais e de outras estruturas da Ordem inscritos na respectiva secção regional;
k) De uma maneira geral, exercer as actividades e praticar os actos necessários à prossecução dos fins da Ordem, de harmonia com o disposto neste Estatuto, com as deliberações da assembleia geral e regional e com as instruções e directivas da direcção nacional.

O Conselho Jurisdicional Regional de Lisboa é o órgão disciplinar constituído por três membros eleitos pela assembleia regional da secção, sendo o presidente escolhido por e de entre eles.

O Conselho Fiscal Regional de Lisboa é constituído por três membros eleitos pela assembleia regional da respectiva secção, sendo o presidente escolhido por e de entre eles.

Os actuais membros dos órgãos sociais da Secção Regional de Lisboa são:

Assembleia Regional
- Ana Paula Mecheiro de Almeida Martins (Presidente);
- Lígia Brito Reis (1.º Secretário);
- Hêrnani Jorge dos Santos Umbelino Sério (2.ª Secretária).

Direcção Regional
- António Pedro de Figueiredo Hipólito Aguiar (Presidente);
- Eurico Augusto Joglar de Figueiredo Pais;
- Mónica Correia de Azevedo de Magalhães Ramalho;
- Joaquim Miguel Brazão Cabrita Lopes Papança;
- Susana Cêa Trindade de Franca.

Conselho Jurisdicional Regional
- Joaquim José Pereira Marques;
- Helena Maria Martinho Lopes Cláudio;
- Pedro Miguel Amores da Silva.

Conselho Fiscal Regional
- Francisco José dos santos Bráz de Castro;
- Francisca Maria Rosa dos Santos Matos Dimas;
- Ana Cristina dos Santos Moreira.