O Conselho Fiscal Nacional é constituído, à luz do novo Estatuto da Ordem dos Farmacêuticos, pelos três presidentes dos Conselhos Fiscais Regionais, sendo o seu presidente designado pelos respectivos membros.

Compete ao Conselho Fiscal Nacional examinar e emitir parecer sobre as contas anuais a apresentar pela Direcção Nacional à Assembleia Geral e apresentar à Direcção Nacional as sugestões que entenda convenientes.

Compete-lhe, também, examinar e dar parecer sobre as contas anuais, sobre os pareceres dos Conselhos Fiscais Regionais apresentados à respectiva Assembleia Regional e apresentar-lhes as sugestões que entenda convenientes.

Compete-lhe ainda consultar quaisquer documentos que titulem receitas e despesas da Ordem.

Os actuais membros do Conselho Fiscal Nacional são:

- Paulo Jorge Barradas de Oliveira Rebelo (Secção Regional de Coimbra);
- Francisco José dos Santos Bráz de Castro (Secção Regional de Lisboa);
- Henrique Luís Lopes Ferreira Reguengo da Luz (Secção Regional do Porto).