Todos os antimicrobianos podem causar danos que devem ser considerados na prescrição. O artigo inclui uma tabela resumo de adversos efeitos para cada grupo de antimicrobianos, identificando alergias, danos de curto prazo e danos graves. Os eventos gastrointestinais e dermatológicos são os mais frequentes, mas muitos antimicrobianos apresentam efeitos adversos graves. Como os efeitos colaterais são inevitáveis, os antimicrobianos devem ser prescritos pelo período mais curto possível e quando a probabilidade de benefício for maior do que o risco de dano.